警視庁は事故の翌日に捜査本部を設置し、現場検証に加え、海保機の機長や羽田空港の管制官からの聴取を進めてきた。7月で事故から半年になるが、航空機事故では原因解明が優先されることもあり、捜査の長期化が見込まれている。
事故では、管制官との交信記録や、事故原因を調査している国の運輸安全委員会などによる両機の機長らへの聞き取りから、海保機は許可を得ずに滑走路に進入していたとみられる。一方、管制官とJAL機の機長はともに、「（海保機の）進入に気づかなかった」と説明したとされる。
警視庁は業務上過失致死傷容疑を視野に入れて捜査しているが、立件するには、JAL機も含む事故に関係した3者の過失割合の特定が不可欠になる。捜査本部は今後、フライトレコーダー（飛行記録装置）の解析結果などから、どのような過失があったのかを詳しく調べる。
ある捜査関係者は「今後公表される運輸安全委員会の中間報告も踏まえ、どんな注意義務違反があったかを把握し、過失の程度を見極める必要がある」と話している。【岩崎歩】
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